Atrado naują omikron atmainos porūšį, kuris neturi vienos esminės genetinės detalės: ką tai reiškia? (2)
Mokslininkai nustatė papildomą omikron atmainos porūšį, kuriam būdinga daugelis tų pačių mutacijų kaip ir originaliajam variantui, tačiau ji neturi vienos esminės genetinės detalės, pranešė „The Guardian“.
Prisijunk prie technologijos.lt komandos!
Laisvas grafikas, uždarbis, daug įdomių veiklų. Patirtis nebūtina, reikia tik entuziazmo.
Sudomino? Užpildyk šią anketą!
Dėl šios detalės standartiniais PGR testais lengva atskirti naujus susirgimus omikron atmaina nuo susirgimų delta ar kitais variantais – todėl naujai atrastą omikron versiją gali būti sunkiau pastebėti.
Dabar mokslininkai pateikė siūlymą genetinę omikron liniją, vadinamą B.1.1.1.529, padalyti į dvi sublinijas: BA.1 – iš pradžių atrastąją omikron versiją, ir B.2 – naujai atrastąją. Padalijimas buvo pasiūlytas ir per kelias pastarąsias dienas įgyvendintas internetinėje sistemoje „Cov-Lineages“, kuri naudojama SARS-CoV-2 genetinėms linijoms ir jų plitimui dokumentuoti.
„Omikron grupėje yra dvi linijos – BA.1 ir BA.2, kurios genetiškai yra gana diferencijuotos, – „The Guardian“ sakė Londono universitetinio koledžo Genetikos instituto direktorius Francoisas Ballouxas. – Šios dvi linijos gali elgtis skirtingai, nors tai dar turi būti patvirtinta“.
„The Guardian“ pranešė, kad dėl vieno esminio skirtumo tarp šių dviejų sublinijų gali būti šiek tiek sunkiau susekti BA.2.
Taip yra dėl to, kad BA.1 genas, kuris koduoja jo smaigalio baltymą, pasižymi viena delecija („ištrintu“ fragmentu). Dėl šios delecijos, sutrumpintai vadinamos 69-70del, iš bendros RNR sekos pašalinamos šešios bazės, o tai savo ruožtu pašalina du „statybinius blokus“ iš galutinio smaigalio baltymo, teigia Amerikos mikrobiologų draugija.
PGR testais nustatomi keli koronaviruso genai, įskaitant šį smaigalio baltymo geną, tačiau variantų su 69-70del smaigalio testas nebus teigiamas. Vietoje to, PGR testas rodys klaidą „nepavyko nustatyti S geno“. Dėl šios ypatybės variantus su 69-70del – t.y. omikron ir alfa – iš tikrųjų lengviau pastebėti PGR metodu. Pastebėję tokius atvejus, mokslininkai atlieka išsamią mėginių genomo analizę, kad patvirtintų, kuris variantas sukėlė konkrečią infekciją.
Britų Kolumbijos universiteto evoliucinės biologijos profesorė Sarah Otto „Financial Times“ sakė, kad „S geno „iškritimas“ buvo labai svarbus norint greitai pamatyti padėtį Pietų Afrikos Respublikoje ir taip stebėti BA.1 sublinijos plitimą“. Tačiau BA.2 neturi 69-70del mutacijos, o tai reiškia, kad šis porūšis neišsiskiria iš kitų variantų atliekant standartinius PGR testus – ir mokslininkams gali tekti labiau pasistengti, kad jį aptiktų.
Iki šiol pasaulyje užregistruoti septyni BA.2 atvejai: Pietų Afrikos Respublikoje, Australijoje ir Kanadoje, rašo „The Guardian“.
Nors tarp šių dviejų omikron sublinijų yra nemažai skirtumų, nėra tiesioginės priežasties manyti, kad viena iš jų elgsis kitaip nei kita, „Financial Times“ sakė Oksfordo universiteto struktūrinės biologijos profesorius Davidas Stuartas. „Nemanau, kad yra kokia nors priežastis manyti, jog naujoji sublinija keltų didesnę grėsmę nei šiuo metu Jungtinėje Karalystėje paplitusi omikron forma – tačiau vis dėlto apie tai kalbėti dar labai anksti“, – teigė jis.
Parengta pagal „Live Science“.
