Skandalingi tyrimų rezultatai: gali būti, kad naujasis koronavirusas Europoje plito jau praėjusių metų pavasarį (1)
Naujasis koronavirusas SARS-CoV-2 Europoje galėjo gyvuoti jau kur kas seniau, nei manyta iki šiol. Ganėtinai neseni tyrimų duomenis rodo, kad jis galimai cirkuliavo Italijoje 2019 gruodį. O dar naujesnį tyrimą atlikę Barselonos universiteto (Ispanija) mokslininkai sugebėjo rasti SARS-CoV-2 pėdsakų nuotekų vandenų mėginiuose, surinktuose 2019 m. kovo 12 dieną, rašo „The Conversation“.
Prisijunk prie technologijos.lt komandos!
Laisvas grafikas, uždarbis, daug įdomių veiklų. Patirtis nebūtina, reikia tik entuziazmo.
Sudomino? Užpildyk šią anketą!
Tiesa, šias išvadas reikia vertinti labai atsargiai. Pirmai pradžiai – dėl to, kad kol kas jos yra publikuotos tik medicininių darbų archyve „medRxiv“, kuriame sukelti straipsniai vis dar laukia nepriklausomų recenzentų įvertinimo prieš jų publikavimą mokslo žurnale. Iki recenzavimo proceso įveikimo visas mokslinių darbų išvadas reikia vertinti bent šiek tiek skeptiškai.
Kaip tyrė ir ką rado?
Vienas iš pirmųjų atradimų, kurį pavyko padaryti aiškinantis, kas per žvėris yra tas SARS-CoV-2 virusas, buvo faktas, jog jo galima aptikti užsikrėtusių asmenų išmatose. Virusui keliaujant per virškinimo traktą (kur jis gali sukelti ir su virškinimo veikla susijusių simptomų) jis praranda savo išorinį baltyminį sluoksnį, tačiau kelionę per žarnyną genetinė viruso medžiaga – RNR grandinė – išlaiko nepakitusi, todėl išmatose ją aptikti nėra labai sudėtinga.
Kiek žinoma, tokios būsenos virusas – tik genetinė medžiaga be baltyminio apvalkalo – yra praradusi gebėjimą užkrėsti žmones.
Tačiau pats faktas, kad šio ir panašių virusių neužkrečiamas RNR grandines galima aptikti nevalytame nuotekų vandenyje, yra labai naudingas įvairių virusinių ligų protrūkių stebėsenai. Ir netgi pagal nuotekų vandens analizės rezultatus galima prognozuoti, kur po savaitės ar dviejų įvyks naujas ligos protrūkis – viruso dalelių liekanos per išmatas šalinamos ir inkubacinio periodo metu, kol simptomai dar nebūna pasireiškę.
Tokie „ikisimptominiai“ žmonės į oficialiosios statistikos suvestines patenka tik tuo atveju, jeigu jų būklė pakankamai smarkiai pablogėja ir jiems atliekami virusologiniai tyrimai, jie galimai paguldomi ir į ligoninę.
Taigi dėl šios priežasties ne viena pasaulio valstybė – įskaitant Ispaniją – pradėjo atidžiai stebėti savo nuotekų vandens turinį ir ieškoti jame koronaviruso dalelių. Konkrečiai šio tyrimo vykdytojai – nuotekų vandens epidemiologai – analizavo užšaldytus mėginius, surinktus nuo 2018 m. sausio iki 2019 m. gruodžio, norėdami nustatyti, kada jų mieste atsirado pirmieji naujuoju koronavirusu susirgę žmonės.
Užtikrinti viruso buvimo vandenyje rezultatai yra gaunami nuo 2020 m. sausio 15 dienos – 41 diena anksčiau, nei paskelbta apie pirmą oficialų Barselonoje užfiksuotą užsikrėtimo naujuoju koronavirusu atvejį. Iki tos datos beveik visi vandens mėginiai buvo „švarūs“. Išskyrus vieną – 2019 m. kovo 12 dienos, kurio polimerazių grandininės reakcijos (PGR) testas parodė, kad jame yra naujojo koronaviruso dalelių liekanų. Tuo pačiu PGR būdu dažniausiai nustatomas ir konkretaus asmens užsikrėtimu SARS-CoV-2 faktas.
PGR testui atlikti tinka seilės, gleivės, šaldytas nuotekų vanduo ir apskritai bet kokia terpė, kurioje gali tūnoti virusas. Iš mėginio išvalomos visos nereikalingos medžiagos, o tuomet mėginyje surastos RNR grandinės (viengrandė genetinė medžiaga) yra konvertuojamos į DNR (dvigrandę genetinę medžiagą).
Tuomet atliekamas „DNR stiprinimas“ – per keletą ciklų daug kartų padauginami genetinės meždiagos fragmentai, kurie, mokslinių tyrimų duomenimis, gali egzistuoti tik konkretaus virusio genetiniame kode. Dauginimas vykdomas tol, kol tų DNR dalelių tampa pakankamai daug, kad jas būtų galima užfiksuoti fluorescuojančiu zondu.
Ne itin specifiškas
Užsikrėtimo koronavirusu faktą tikrinantys mokslininkai paprastai ieško daugiau nei vieno konkretaus geno. Ir šiuo atveju tyrėjai ieškojo trijų genų. O 2019 m. kovo vandens mėginyje iš šios trijulės rastas tik vienas – RdRp – genas. Buvo ieškoma dviejų šio geno regionų ir abu juos pavyko aptikti tik 39 stiprinimo ciklo metu (o kiekvienas papildomas stiprinimo ciklas mažina specifiškumo lygį). Moksliniams tyrimams paprastai naudojami 40–45 stiprinimo ciklai.
Šį „teigiamą“ vandens tyrimo rezultatą galima paaiškinti keliais skirtingais būdais. Pirmas – kad nuotekų vandenyje iš tiesų buvo labai nedidelis kiekis viruso dalelių. Antras – kad bandymų įranga jau laboratorijoje buvo užteršta SARS-CoV-2 dalelėmis. Taip kartais nutinka: laboratorijoje, kur nuolat dirbama su būtent šiuo virusu, yra labai sunku apsisaugoti, kad neįtikėtinai mažos viruso dalelės nepatektų ten, kur jų būti neturėtų.
Trečias paaiškinimas – kad egzistuoja kažkokios kitos RNR ar DNR grandinės, kurios yra tiek panašios į RdRp grandinę, jog 39 stiprinimo ciklo metu jas galima sumaišyti.
Norint patvirtinti, kad Ispanijos mokslininkų tirtame vandenyje buvo iš tiesų SARS-CoV-2 pėdsakų, reikėtų atlikti papildomų tyrimų – tokios svarbos išvadas privalo atkartoti kita, nepriklausoma laboratorija.
Kodėl reikia vertinti atsargiai?
Net jeigu nekreiptume dėmesio į faktą, kad šis tyrimas dar nėra nei publikuotas, nei recenzuotas, jo patikimumui vis tiek kenkia dar vienas įdomus dalykas. Tyrimo autoriai nepateikė jokių duomenų, kad pernai kovo ar balandžio mėnesį Barselonoje ir jos apylinkėse būtų bent kiek išaugęs kvėpavimo takų ligomis sergančių pacientų kiekis.
Taip pat žinome, kad SARS-CoV-2 yra labai užkrečiamas virusas – bent jau dabartinė jo forma. Tad jeigu tyrėjai nesuklydo, tuomet darytina išvada, jog virusas buvo paplitęs pakankamai, kad jo dalelių atsirastų atsitiktiniuose 800 ml nuotekų vandens, bet nepakankamai, kad keltų problemų medikams dar devynis mėnesius po atsiradimo ir netaikant jokių viruso plitimo kontrolės priemonių.
Tad, kol recenzentai ir kitos nepriklausomos laboratorijos savo darbo neatliko, šiuos rezultatus reikėtų vertinti labai atsargiai.