Sukurta stuktūrinė RNR abėcėlė (0)
Montrealio universiteto bioinformatikų komanda sudarė struktūrinę RNR abėcėlę, skelbiama kovo 6 dienos Nature žurnale. Panaudojant šią abėcėlę iš nuskaitytos RNR sekos bus galima lengvai sukonstruoti RNR (ribonukleorūgščių) 3D vaizdą.
Prisijunk prie technologijos.lt komandos!
Laisvas grafikas, uždarbis, daug įdomių veiklų. Patirtis nebūtina, reikia tik entuziazmo.
Sudomino? Užpildyk šią anketą!
RNR molekulės 3D vaizdas priklauso nuo sekoje esančių nukleoditų sąveikų. Procesas, kai RNR seka yra verčiama į 3D vaizdą, vadinamas lankstymu. Klasikinis RNR modeliavimas remiasi Watson-Crick atrastomis sąveikomis: nukleotidai A su U ir G su C užima vietas vienas priešais kitą. Kitas modeliavimo būdas remiasi tuo, kad nukleotidai yra šalia arba vienas ant kito. Tačiau tokio modeliavimo rezultatai gali būti klaidingi.
Siekiant išvengti tokių galimų klaidų, mokslininkai pasiūlė radikaliai kitokį RNR struktūros modeliavimo metodą. Idėja tokia: sukurti silicio struktūrą, pradedant nuo motyvų, kurie jungia visas įmanomas jungtis tarp nukleotido ir jo kaimynų.
Mokslininkai jau realizavo pirmąjį tokį algoritmą, vadinamą MC-Fold, kuris kiekvienam sekos segmentui sistemiškai atskira skirtingus motyvus ir atrenka labiausiai tikėtiną porą pagal jos dažnį kitoje žinomoje sekoje. Tada kitas algoritmas, vadinamas MC-Sym, surenka išrinktų motyvų kompleksą, atsižvelgdamas į apribojimus, gautus nagrinėjant jau žinomą struktūrą.
Manoma, jog šis naujas 3D gavimo būdas, bus tikslesnis, nei iki šiol naudoti metodai. Biologinė RNR svarba, bei augantis terapinio gydymo pripažinimas žada, jog nauji modeliavimo algoritmai stipriai pagelbės biomedicinoje. Pavyzdžiui, tokie metodai galėtų būti pritaikomi tokiems RNR virusams gydyti, kaip ŽIV.
Iliustracijoje pateiktas RNR molekulės 3D vaizdas
Parengė:Evaldas